La incidencia de la EII es similar en hombres y mujeres en los EE. UU. con un fuerte componente genético y el 10% de los enfermos tienen menos de 18 años de edad. Los estudios revelan que alrededor del 20 al 25% de los pacientes pueden tener un pariente cercano con la enfermedad de Crohn o con colitis ulcerativa crónica (CUC). Ya que los síntomas de estas dos enfermedades son tan similares, en aproximadamente el 10% de los casos es imposible hacer un diagnóstico definitivo ya sea de la enfermedad de Crohn o de CUC. Existe una infiltración leucocitaria del revestimiento intestinal, lo cual provoca inflamación crónica. Luego, estas células inflamatorias producen productos nocivos que, finalmente, provocan lesión tisular. A pesar de la extensa investigación sobre la EII, no se conoce la causa precisa de la inflamación crónica.